Trama
Quando Lara Croft era bambina, era sopravvissuta insieme a sua madre a un incidente aereo in Nepal, nel tentativo di salvarsi, la donna era misteriosamente scomparsa nei pressi di un misterioso Altare di pietra.
Anni dopo, Lara si è recata a Tiwanaku, in Bolivia, presso le misteriose rovine di un altare molto simile a quello dove sua madre era scomparsa. Ad attenderla ci sono alcuni mercenari, che sembrano incaricati di eliminarla. Lara si fa strada verso l'altare, dove scopre anche alcune iscrizioni che sembrano parlare di un mito simile a quello di Re Artù. Esse sono identiche a quelle rinvenute diversi anni prima durante una spedizione in Perù, nel corso della quale lei e la sua squadra si erano trovati di fronte a una feroce bestia soprannaturale, e lei era stata l'unica a sopravvivere. Arrivata all'altare l'archeologa trova James Rutland, il mandante della sua eliminazione, in possesso del frammento di un misterioso artefatto che gli conferisce poteri paranormali. Dopo un fugace scontro a fuoco l'uomo fugge a bordo del suo elicottero, non prima di aver accennato ad Amanda Evert, una vecchia amica di Lara creduta morta nella tragedia di Paraìso. Lara comprende che il frammento nelle mani di Rutland fa parte di un potente e antichissimo artefatto, e decide di mettersi alla sua ricerca. Si dà così appuntamento con Anaya Imanu, sua amica dai tempi dell'università e si dirige a Paraìso.
Lara raggiunge quel che rimane del sito archeologico nel quale molti anni addietro alcuni dei suoi amici avevano trovato la morte, e vi si addentra. Qui scopre con sua grande sorpresa che non vi è alcuna traccia dei resti di Amanda Evert, il che porta Lara a convincersi del fatto che questa non fosse morta, e che abbia taciuto la sua sopravvivenza in quanto aveva scoperto qualcosa che non voleva rivelare a nessuno. Lara continua ad esaminare in luogo, fino a rinvenire la copia cerimoniale dell'artefatto misterioso: è una lama ancestrale, dalla quale deriverebbero molti miti di diverse civilizzazioni, tra i quali quello di Excalibur. Intanto Alister e Zip scoprono che un altro frammento della medesima lama è in possesso di Shogo Takamoto, noto esponente della Yakuza con il quale Lara aveva già avuto a che fare in passato. A lei non resta dunque che recarsi a Tokio, dove tra l'altro è stata invitata ad un party organizzato dal suo amico Nishimura, un ricco magnate.
Dopo un breve colloquio tra Lara e Nishimura, la festa viene bruscamente interrotta dall'arrivo di Takamoto stesso e delle sue guardie; l'uomo, venuto a conoscenza dell'arrivo della donna e della sua intenzione di rubargli il frammento, si mobilita per ucciderla. Lara si fa strada tra le guardie del corpo che occupano la struttura e raggiunge Takamoto, con il quale ha uno scontro a fuoco; nonostante egli si avvalga dei poteri di un pezzo di Excalibur Lara lo uccide e recupera la punta della lama.
Nel frattempo Alister e Zip seguono le tracce di Rutland e scoprono che egli sta svolgendo altre ricerche in Ghana. Lara si reca in Africa, dove scopre l'ingresso di un'antichissima città e insegue i mercenari che l'hanno preceduta. Alla fine dell'inseguimento Lara si trova ad affrontare Rutland, che le rivela l'esistenza di un manufatto, la "Chiave di Ghalali", che avrebbe il potere di riunire i pezzi della spada. Nel duello Rutland fa uso dei poteri del pezzo della spada in suo possesso. Tuttavia Lara lo sconfigge e gli sottrae il pezzo. Intanto Alister e Zip trovano delle informazioni su un incidente avvenuto in Kazakistan presso un laboratorio segreto russo che svolgeva alcuni esperimenti su un misterioso materiale, probabilmente un altro pezzo di Excalibur.
Lara raggiunge il luogo, ma ancora una volta è preceduta da Rutland ed i suoi mercenari. Lo scontro con questi ultimi è inevitabile, ma essendo i mercenari in netta maggioranza Lara è costretta ad escogitare un espediente per seminarli, e con l'ausilio di una moto raggiunge un treno diretto nella vecchia base dove si erano tenuti gli esperimenti. È in una delle aree del luogo che Lara si ritrova a faccia a faccia con la vecchia amica Amanda: è lei ad essersi alleata con Rutland e a cercare assieme a lui tutti i pezzi di Excalibur. Tra le due avviene un breve dialogo, nel quale riemerge il rancore della donna nei confronti di Lara, colpevole di averla abbandonata al suo destino in Perù. L'archeologa cerca di far ragionare Amanda, ma la donna non ha alcuna intenzione di perdonarla: raggiunge la sala degli esperimenti ed evoca la strana entità che avevano incontrato durante l'incidente a Paraìso, che ora Amanda può controllare grazie a un artefatto lì rinvenuto. La bestia distrugge il ponte conducente alla sala dove si trova Amanda ed impedisce a Lara di raggiungerla. La donna è costretta dunque a trovare una via secondaria, che la porta, durante il tragitto, a scoprire molte più cose circa il pezzo di Excalibur lì custodito. Riuscita finalmente a raggiungere la sala, Lara viene attaccata dal mostro. Avvalendosi di un enorme generatore elettrico, Lara riesce a neutralizzarlo temporaneamente e a recuperare un'altra parte di Excalibur, per poi fuggire.
Seguendo le istruzioni trovate nella vecchia base, Lara si reca presso un museo abbandonato in Inghilterra, che sorgerebbe sull'ipotetica tomba di Rè Artù e dei Cavalieri della Tavola Rotonda. In realtà quello rinvenuto anni prima è semplicemente un cenotafio, che cela nelle sue fondamenta le rovine di una necropoli medievale; esplorandola a fondo Lara trova presso una cava semisommersa il vero mausoleo nel quale sono tumulati i Cavalieri e Rè Artù stesso, che impugna l'elsa di Excalibur. Lara la recupera e ritorna nella sua magione, dove insieme ad Alister analizza i vari frammenti, e si accorge che effettivamente senza la cosiddetta Chiave di Ghalali essi non possono essere riassemblati. L'artefatto era stato in effetti rinvenuto dal padre di Lara molti anni prima, ed altro non è se non una spilla che la madre indossava il giorno in cui scomparve in Nepal. Lara deve dunque tornare sul luogo dell'incidente.
Recatasi di nuovo in Nepal, nel punto in cui giacciono i rottami del jet, Lara ritrova il pezzo mancante, e giunta all'altare da lei visto anni prima ricompone la spada; qui capisce anche che Excalibur, oltre ad avere spaventosi poteri, è in grado di attivare i portali celati negli altari di pietra, che collegano lo spazio e il tempo: forse grazie a essi può rintracciare sua madre e portarla in salvo. L'altare nepalese è tuttavia irrimediabilmente rotto, così Lara fa ritorno a quello di Tiwanaku, dove trova Amanda e Rutland. Grazie al potere di Excalibur Lara ha la meglio su di lui e il suo esercito, e in seguito vince anche contro Amanda e la sua bestia, dopodiché inserisce la spada nell'obelisco. Una volta attivato il portale, Lara vede sua madre e capisce che ciò che sta accadendo al di là del portale non è altro che l'episodio vissuto da piccola, nel quale la madre scomparve.
Cercando di evitare la sua scomparsa, Lara intima alla madre di non toccare la spada ma la donna teme che la Lara adulta al di là del portale voglia fare del male a quella bambina, così tocca la spada nella roccia (non Excalibur) e viene risucchiata nel portale, che esplode. Lara ha una furiosa conversazione con Amanda, la quale le rivela che sua madre potrebbe non essere morta e trovarsi ad Avalon. Lara la stordisce e va via, determinata a compiere nuove ricerche per trovare sua madre.