Trama
1945, deserto di Los Alamos. Durante un test nucleare viene distrutta una struttura cristallina, dalla quale esce una misteriosa creatura alata.
1996, India. Lara Croft è una giovane nobildonna dedita ad imprese autonome di natura archeologica, orfana, che ha ereditato dal padre anch'egli archeologo un certo spirito per l'avventura. Lara viene assunta dall'industriale Jacqueline Natla, presidente della Natla Technologies, attraverso la mediazione di Larson, un archeologo texano amico della ragazza. Natla ha trovato la posizione di Vilcabamba, la leggendaria città peruviana dove si sarebbero rifugiati gli ultimi Inca in fuga dagli Spagnoli ed in cui si celerebbe la Tomba di Qualopec, il loro ultimo sovrano: nella sua tomba si dovrebbe trovare uno dei tre pezzi del leggendario Scion di Atlantide. Natla, sapendo che in passato il padre di Lara aveva già tentato invano di trovare l'ubicazione della città, le chiede di ritrovare il manufatto. Lara, ovviamente, accetta la proposta.
Accompagnata da un guida peruviana, Lara si reca sulle montagne del Perù, dove dovrebbe trovarsi l'ingresso di Vilcabamba. Dopo essere riuscita ad aprire la grande porta che condurrebbe al regno sotterraneo, Lara è costretta a continuare da sola, in quanto la sua guida viene uccisa da alcuni lupi selvatici. Entrata all'interno della grotta e superata la città di Vilcabamba, Lara scopre una misteriosa valle nella quale sono sopravvissuti un tirannosauro e dei velociraptor. Dopo aver affrontato i dinosauri e numerosi trabocchetti di astuzia letale, raggiunge Vilcabamba dove trova la tomba di Qualopec e il primo pezzo dello Scion. Recuperato l'artefatto, Lara fugge dalla tomba che inizia a crollare.
Fuori trova Larson inviato da Natla per rubarle il frammento del manufatto guadagnato con fatica. Dopo averlo stordito, Lara riesce a prelevargli preziose informazioni e scopre che un altro archeologo, il francese Pierre DuPont, è stato assunto e mandato da Natla a cercare il secondo pezzo. Questo porta Lara ad intrufolarsi di nascosto nell'ufficio di Natla presso la sede della Natla Technologies, dove scopre l'ubicazione del secondo pezzo: St. Francis' Folly, un ex monastero greco costruito al di sopra di un complesso di stanze ed edifici, inclusi il 'Palazzo di Re Mida' e un colosseo di epoca romana, a loro volta occultanti la Tomba di Tihocan. Presso la tomba di Tihocan, Lara recupera anche il secondo manufatto, ma questo le viene sottratto da Pierre.
Tuttavia, la profanazione della tomba desta alcune guardie simili a centauri, che uccideranno facilmente Pierre e fronteggeranno la protagonista. Lara, dopo aver recuperato il frammento di Tihocan ed averlo unito al pezzo di Qualopec ha una visione che le rivela l'ubicazione del terzo pezzo: la città di Khamoon in Egitto. Strutturata in maniera similare al complesso in Grecia, Khamoon cela in profondità il Santuario dello Scion. Raggiunto il Santuario, Lara ottiene l'ultimo pezzo del manufatto che, unito agli altri, fornisce un'ulteriore visione. In questa scopre che i pezzi dello Scion appartenevano ai tre sovrani di Atlantide, i fratelli immortali Qualopec, Tihocan e la stessa Natla.
Essi sono riuniti in consiglio per condannare Natla stessa, espulsa dal sacro triumvirato per aver scatenato gli eserciti di Atlantide contro gli altri sovrani nel tentativo di inaugurare la Settima Era, dopo aver distrutto Atlantide, utilizzando i poteri dello Scion. Natla, che comunque era riuscita nell'intento di innescare la distruzione di Atlantide, fu imprigionata nella struttura cristallina dalla quale sarebbe stata liberata migliaia di anni dopo, dall'esplosione di Los Alamos del 1945.
Terminata la visione, Lara si trova faccia a faccia con "Jacqueline" Natla, giunta sul posto per recuperare lo Scion ora completo. Lara domanda a Natla che cosa sia la Settima Era, ma quest'ultima risponde in maniera elusiva e ordina ai suoi scagnozzi di uccidere Lara. Riuscita a scappare tuffandosi in un fiume sottostante, Lara insegue Natla verso il mare, e, intrufolatasi nella sua barca, presso una piccola isola montuosa, che nasconde rovine di una piramide atlantidea, dove Natla sta praticando degli scavi.
All'interno Lara incontra Larson che le impedisce di proseguire tra le miniere. In un crescendo di contrasti interiori, Lara lo uccide. Alle porte della piramide, Lara affronta gli ultimi due scagnozzi di Natla, Kid e Kold, che muoiono nel combattimento. Dopo essere arrivata nella cima della piramide superando marchingegni tanto elaborati quanto mortali, Lara raggiunge Natla che è riuscita, grazie allo Scion, a riattivare la piramide. Grazie ad esso Natla ha intenzione di ricostruire le armate di Atlantide (creature umanoidi generate dalla struttura stessa) distruggere l'umanità e dare inizio della Settima Era.
Natla propone a Lara di unirsi a lei, diventando così una dei nuovi immortali alla guida di Atlantide ed accedendo alla conoscenza contenuta nello Scion. Lara però rifiuta distruggendo l'artefatto e, dopo un duro scontro riesce apparentemente a sconfiggere Natla. Alla fine Lara fugge dalla piramide che, costruita al di sopra di un vulcano dal quale trae l'energia per funzionare, crolla mentre il vulcano si prepara ad eruttare. Tuffatasi in mare e fuggendo con la barca di Natla, Lara osserva l'esplosione mentre procede verso il mare aperto.