Trama
Dopo aver appreso da Amanda, durante lo scontro finale in Bolivia alla fine di Tomb Raider: Legend , che sua madre non era morta, bensì era stata condotta ad Avalon, Lara per raggiungerla decide di seguire le ipotesi di un amico di suo padre. Una prima ricerca la vedrà nelle profondità del Mar Mediterraneo dove si rende conto che quel luogo non è Avalon, bensì Niflheim, l'equivalente norreno. Tuttavia Lara, dopo aver camminato a lungo e affrontato addirittura un Kraken, fa una importante scoperta: trova uno dei due guanti di Thor. Dopo averlo indossato si accorge di essere seguita e subito dopo viene attaccata e messa fuori combattimento da alcuni mercenari. Tuttavia riprende subito i sensi, giusto in tempo per vedersi portare via il guanto di Thor e sentire da uno dei mercenari dire «Amanda Evert ti manda i suoi saluti». In seguito i mercenari distruggono quella che sembra l'unica via d'uscita, ma Lara riesce a scappare e a riemergere. Una volta tornata sulla barca si accorge della presenza di una grossa nave e, riconoscendo a bordo uno dei mercenari, decide di salire a bordo di soppiatto. Dopo diversi scontri a fuoco intravede Amanda nel disperato tentativo di infilarsi il guanto di Thor, ma senza riuscirci, avendo esso ormai la forma della mano di Lara. Ciò che turba Lara è sentire una voce che credeva non avrebbe mai più sentito: quella di Jacqueline Natla.
Lara allora comprende perché James Rutland e Amanda si erano messi alla ricerca di Avalon. Natla aveva rivelato tutto quello che sapeva ad Amanda, e a sua volta Amanda rivela a Lara che l'Altare di pietra aveva teletrasportato sua madre ad Helheim. Nel frattempo però la nave inizia ad affondare e Amanda porta via la cella che contiene Natla. Prima di essere posta in salvo, Natla le rivela che per accedere a Helheim è necessario il martello di Thor e le dà un indizio: la Thailandia. Dopo essere fuggita dalla nave, Lara intravede Amanda che sta scappando, così le spara e, dopo averla ferita leggermente, recupera il guanto di Thor. Partita per la Thailandia, Lara giunge alle rovine di un tempio di Shiva e lì fa una scoperta: il guanto di Thor conferisce a chi lo indossa una forza sovrumana che permette di spostare pareti altrimenti invalicabili. Giunge infine ad una sala in cui legge un messaggio lasciato li da suo padre, tanti anni prima, che dice «Natla, non sarò più un tuo burattino» e comprende che suo padre aveva distrutto la mappa con l'ubicazione del martello per impedire che Natla lo trovasse; tuttavia aveva anche lasciato un indizio che solo Lara poteva decifrare: così ella comprende dove è nascosto il secondo guanto di Thor. Tornata alla Residenza Croft, Lara intuisce che il guanto era nascosto alla fine di una galleria che partiva dalla tomba di suo nonno; infatti alla fine del cunicolo trova il guanto e la mappa con le coordinate del martello e della Cintura di Thor. Tuttavia, mentre sta uscendo dalla tomba, la villa esplode e prende fuoco. Giunta all'ingresso vede Zip e il suo maggiordomo Winston che si danno alla fuga, ma appena Zip la vede le spara. Dopo essersi calmato Zip rivela che qualcuno incredibilmente somigliante a Lara aveva fatto saltare la cassaforte e rubato la Pietra Spettrale di Amanda, che Lara le aveva precedentemente portato via (in Legend). Mentre Lara controlla le telecamere di sorveglianza si accorge di qualcuno che la fissa e si trova davanti al suo alter ego, che si dimostra altrettanto agile e veloce. Lara tenta di fermarlo ma l'alter ego spara ad Alister e si dà alla fuga. Usciti dalla villa pericolante Lara capisce che l'alter ego è opera di Natla, per cui decide di partire per il Messico a cercare la cintura di Thor. Zip è esterrefatto dal suo desiderio di ricerca continua, ma Lara gli risponde che per il martello serviva la cintura e per uccidere una dea le serviva il martello.
In Messico, dopo aver affrontato mercenari locali, pantere e ragni giganteschi, Lara riesce ad entrare a Xibalba e a trovare la cintura di Thor. In seguito si mette in viaggio per l'Isola di Jan Mayen per cercare il Martello. Dopo aver affrontato diversi ostacoli, Lara finalmente lo trova e chiede a Zip di rintracciare Amanda, poiché è giunto il momento di avere delle risposte. Raggiunta la nave di Amanda in Thailandia e ritrovata Natla, questa le spiega che senza il suo aiuto non potrà mai accedere a Helheim: Natla infatti dovrà compiere il rituale di Odino, poi Lara dovrà intervenire con il martello. Mentre è in procinto di liberare Natla, giunge Amanda con l'alter ego. Amanda scatena la sua pietra spettrale contro Lara. Tuttavia l'alter ego, in realtà sotto il comando di Natla, scaraventa giù dal ponte Amanda e riesce a sfuggire alle saette del martello di Thor scagliate da Lara. Allora Lara libera Natla e le ordina di sparire. Lei vola via dicendo «Abbiamo un appuntamento», lasciandole le coordinate di Helheim, nel Mar Glaciale Artico. Dopo essersi immersa ed essere entrata nel cancello sottomarino che conduceva a Helheim, Natla arriva e compie il rituale di Odino; in seguito Lara usa il martello aprendo definitivamente i "cancelli" di Helheim.
Passa poco tempo e Lara vede davanti a sé una figura che riconosce come sua madre, ma appena Amelia Croft si volta, Lara vede che è stata oramai schiavizzata e sfigurata. Decide quindi di ucciderla dicendo «No no no, mia madre è morta, è morta... mia madre è morta da molto tempo! Tu non sei mia madre». In questo momento di dolore, giunge Natla che le rivela i suoi piani: servirsi di lei, come prima si era servita di suo padre, per avere il martello e risvegliare la Serpe di Miðgarðr per aprire la strada verso la Settima era. Probabilmente lo Scion possedeva l'ubicazione del martello ma la distruzione di quest'ultimo costrinse Natla a cambiare piano. Mentre Lara è in procinto di usare il martello, l'alter ego la blocca e Natla rivela che lei ed Amanda sono state due burattini nelle sue mani, usate per risvegliare la Serpe. Nel frattempo il Doppelgänger è in procinto di uccidere Lara, ma interviene Amanda con la sua pietra spettrale che lo getta in un baratro. Lara capisce di essere la sola a poter fermare la Serpe di Midgard e, grazie al martello di Thor, riesce prima a distruggere il dispositivo che avrebbe fatto risvegliare la Serpe, e in seguito mette fuori gioco Natla. Tuttavia sembra che non ci sia una via d'uscita e Lara e Amanda si rassegnano, ma poi Lara vede un altare di pietra con inserita una spada simile ad Excalibur e comprende che è la loro unica via di fuga. Entrambe riescono a fuggire ritrovandosi in Nepal, proprio presso l'altare dove sua madre era scomparsa. In quel luogo trova anche i disegni che aveva lasciato quando era bambina. Raccoglie l'ennesima spada e, guardando l'altare, tristemente, dice «Addio mamma, riposa in pace».
Finale Alternativo
Nei contenuti Extra del gioco è possibile vedere un video del finale alternativo del gioco che segue gli eventi successivi all'uscita dal tempio. Amanda tenta di uccidere Lara con una roccia ma Lara le spara e contempla l'idea di ucciderla o lasciarla in vita. Alla fine, le volta le spalle e va via lasciandola ferita nella neve.