Trama
Un anno dopo gli eventi narrati nel capitolo precedente, Lara Croft non riesce ancora a darsi una spiegazione circa la sua esperienza nell'isola di Yamatai; la comunità scientifica l'ha inoltre screditata, affermando che i suoi racconti siano frutto della stessa follia di suo padre. Cercando risposte, risale a delle ricerche lasciate incompiute del padre riguardanti il cosiddetto Profeta immortale di Costantinopoli, fondatore della città scomparsa di Kitež. La compagna del padre, Ana, tenta di dissuaderla poiché questa ossessione e i suoi fallimenti avevano guidato l'uomo alla rovina e al suicidio. Lara la ignora ed organizza una spedizione in Siria, dove si troverebbe la Tomba del Profeta. La riesce a trovare, ma non c'è alcun corpo al suo interno; Lara si trova in compenso a dover affrontare la Trinità, antico ordine di cavalieri ora mutatosi in un'organizzazione paramilitare che come Lara indaga sul Profeta, guidata dal leader Konstantin. Lara riesce a fuggire e scopre un simbolo inciso nella tomba che collega ad un libro di suo padre.
Insieme all'amico Jonah, la ragazza parte per la Siberia dove la posizione indicata dal libro potrebbe portare a Kitež e alla Sorgente Divina, un artefatto leggendario in grado di donare l'immortalità. Durante la spedizione, Lara viene travolta da una valanga e si perde nelle lande siberiane. Vi trova la Trinità, che si è stabilita li allo scopo di trovare la città perduta. La ragazza viene catturata e ritrova Ana, che si rivela essere la sorella di Konstantin ed una spia della Trinità. Lara riesce a scappare e nella fuga viene aiutata da Jacob, un estraneo misterioso che la conduce attraverso un sistema di miniere abbandonate fino al suo villaggio.
Jacob è in realtà il capo dei Discendenti, ossia i pronipoti dei seguaci del Profeta; poiché è stata lei a portare la Trinità sulle loro tracce, Lara decide di mettere momentaneamente da parte la sua ricerca e aiutarli a resistere contro la pericolosa organizzazione. Intanto ha modo di scoprire la storia del Profeta e di Kitež: questi era stato perseguitato dalla Trinità in quanto eretico, così insieme ai suoi seguaci era emigrato in Russia, dove avevano costruito la città; dopo l'attacco delle truppe di Gengis Khan, tuttavia, il Profeta era stato costretto a sacrificare Kitež per proteggere la Sorgente Divina: la città era finita sepolta sotto un ghiacciaio, mentre il popolo del Profeta si era stabilito nella valle vicina, per poterne difendere i segreti. Jacob rivela a Lara che la Sorgente esiste davvero, ma è diversa da qualsiasi cosa lei o la Trinità pensano essa sia. Konstantin nel frattempo attacca ripetutamente i Discendenti, mentre Lara scopre che Ana è malata terminale di cancro e in realtà sta usando la Trinità per raggiungere la Sorgente Divina e guarire grazie ai suoi poteri.
Di fronte alla potenza della Trinità, Lara e Jacob decidono di recuperare la Sorgente Divina per primi, in modo da poterla salvare. Lara si introduce così negli archivi segreti della città e recupera l'Atlante, un artefatto in grado di mostrare la via per Kitež. Successivamente la ragazza ritrova il suo amico Jonah, che invece di fuggire come lei aveva detto è rimasto a spiare per lei la Trinità. Insieme a Jacob i due usano l'Atlante per localizzare la città, ma vengono attaccati dalla Trinità, che ha usato Jonah allo scopo di ricattare Lara: il ragazzo viene rapito e lei dovrà scegliere se salvarlo o continuare la sua ricerca. Lara decide di andare a liberarlo, ma poco prima di riuscirci Konstantin lo pugnala a morte. Lara conduce il suo amico agonizzante da Jacob, che miracolosamente lo guarisce: la ragazza capisce così che Jacob altri non è che il Profeta Immortale.
Lara decide di andare in avanscoperta a Kitež, allo scopo di precedere la Trinità che l'ha a sua volta localizzata; per farlo percorre il Sentiero degli Immortali, dove incontra i guardiani della città. Affrontandoli, Lara capisce il senso delle parole di Jacob: la Sorgente Divina dona effettivamente l'immortalità, ma chi la riceve perde coscienza di se stesso; gli Immortali sono gli antichi abitanti di Kitež, resi immortali dalla Sorgente ma ormai ridotti a esseri privi di volontà che non possono far altro che difenderla. Lara viene aiutata dai Discendenti, che combattono gli Immortali dandole tempo di raggiungere il Santuario al centro della città. Qui la ragazza ritrova Konstantin e ingaggia con lui un lungo combattimento, alla fine del quale il nemico muore, non prima di rivelarle che in realtà suo padre non si è suicidato ma è stato ucciso dalla Trinità. Ana, nel frattempo, ha raggiunto la Sorgente Divina, che ha la forma di un grosso cristallo scintillante; prima che la donna possa usarla, Lara gliela sottrae e la distrugge, ponendo fine alla vita perpetua degli Immortali e incidentalmente anche a quella di Jacob. Questi muore serenamente, poiché la sua immortalità era stata per lui una condanna, e ringrazia Lara per tutto ciò che ha fatto, prima di dissolversi nell'aria.
Sofia, la figlia di Jacob, diventa la nuova leader dei Discendenti; Jonah si riunisce a Lara e insieme pianificano nuove spedizioni, poiché Lara giura di sciogliere altri misteri legati all'immortalità come quelli che ha incontrato a Yamatai e in Siberia, allo scopo di contrastare la Trinità.
In una scena dopo i titoli di coda, ambientata due settimane prima del ritorno di Lara a casa sua, viene mostrata mentre insieme ad Ana si accinge a lasciare la Russia. Lara, tenendo presente le ultime parole di Konstantin, accusa la sua matrigna di aver ucciso suo padre e di non averlo mai amato; la donna ammette che la Trinità glielo avesse ordinato, ma di non essere riuscita a portare a termine questo compito poiché aveva finito per innamorarsi realmente del suo obiettivo. Ma prima che ella possa rivelarle altro, un cecchino la uccide sul colpo. Il sicario chiede a un misterioso superiore se debba uccidere anche Lara, ma riceve l'ordine di attendere il momento giusto.