Trama
Il Pugnale di Xian è un antico artefatto in grado di trasformare chiunque avesse il coraggio di conficcarselo nel cuore in un Drago. L'Imperatore, che utilizzava il potere del Pugnale per sottomettere il vasto territorio cinese, perse l'ultima battaglia, quando un ordine di monaci guerrieri del Tibet riuscirono ad estrarre dal petto del Drago il Pugnale. I monaci nascosero il Pugnale all'interno di un tempio segreto al di sotto della Grande muraglia, dove il Pugnale rimase al sicuro per secoli.
Nel 1997, Lara Croft, facoltosa archeologa-avventuriera britannica, è alla ricerca del Pugnale di Xian all'interno della Grande muraglia, dove affronta trappole di ogni tipo. Giunta all'ingresso del tempio, Lara fa appena in tempo a rendersi conto che la porta necessita di un sigillo che la possa aprire: subito viene aggredita da un sicario. Lara ne ha facilmente ragione, ma pur di non rivelarle dove si trovi il sigillo, il sicario si toglie la vita, non prima di averle rivelato di lavorare per un certo Marco Bartoli.
Lara si reca perciò a Venezia, dove ha localizzato la gang di Marco Bartoli. Questi, un potente capo-mafia fondatore della setta della Fiamma Nera dedita al culto del pugnale, è convinto di essere il Prescelto, ossia l'unico legittimo erede del potere del Pugnale, e ha preso possesso di un intero quartiere veneziano. Inseguendo Bartoli attraverso il suo rifugio e un teatro in rovina, Lara riesce a salire a bordo del suo aereo, ma poco dopo viene scoperta e tramortita da un suo scagnozzo. Lara si risveglia a bordo di una piattaforma petrolifera nel Mare Adriatico. Privata delle armi e costretta ad affrontare gli operai e i mercenari di Bartoli, Lara si fa strada nella piattaforma fino a trovare Fratello Chan, un monaco tibetano catturato e torturato da Bartoli. Fratello Chan rivela a Lara che per poter entrare nel Tempio dello Xian è necessario un antico meccanismo chiamato Talion. Il Talion è nascosto nelle catacombe sotto il Monastero di Barkhang, in Tibet, alle quali si può accedere solo grazie ad un altro artefatto tibetano chiamato Serafo. Il padre di Marco, Gianni, era riuscito a recuperare quest'ultimo, ma durante il viaggio di ritorno la sua lussuosa nave Maria Doria era stata affondata dal padre di Fratello Chan; Bartoli è impegnao nella ricerca del Serafo che si trova nel relitto della nave. Prima però che Fratello Chan possa rivelare altro, viene colpito a morte da uno sparo di Bartoli. Lara quindi si immerge nelle profondità marine sotto la piattaforma per raggiungere il relitto della Maria Doria e recuperare il Serafo prima di Marco e dei suoi uomini.
Dopo aver attraversato il relitto, Lara recupera il Serafo e ritorna in superficie; rubato l'aereo che l'aveva portata sulla piattaforma, fa rotta verso il Tibet. Qui riesce a farsi strada fino al Monastero di Barkhang, dove si scontra con i mercenari assunti da Bartoli per uccidere i monaci e rubare il Talion. Aiutata dai monaci a eliminare i mercenari, Lara entra nelle catacombe del Monastero e recupera anche questo artefatto, non senza prima averne ucciso il Guardiano (un mostro metà gorilla e metà aquila).
Rubata una jeep, Lara si reca nuovamente alla Grande Muraglia ed entra finalmente nel Tempio dello Xian, ma prima che possa recuperare il Pugnale una trappola la fa precipitare nelle profondità del Tempio. Riuscita con molta fatica a ritornare nella sala principale, Lara assiste impotente al rituale del Pugnale: Marco Bartoli, coadiuvato dai suoi uomini, si pianta nel petto il Pugnale. I suoi uomini ne trasportano il corpo all'interno della Tana del Drago, un'inquietante pagoda fiammeggiante situata nel mezzo delle Isole Galleggianti, piattaforme di roccia e giada sospese in una "bolla" di vuoto in una dimensione parallela dello spazio-tempo. È con molta difficoltà che Lara riesce ad attraversare le Isole e arrivare finalmente ad affrontare Bartoli, il quale, conficcandosi il Pugnale di Xian nel cuore, si trasforma in un grande Drago.
Lara riesce a stordire il Drago a sufficienza da estrarre il Pugnale. Il Drago si decompone rapidamente davanti agli occhi di Lara, mentre l'intera struttura della Tana inizia a collassare su sé stessa. Lara riesce a fuggire scampando all'esplosione finale delle Isole e del Tempio dello Xian, ritrovandosi all'esterno della Grande muraglia, finalmente in possesso del Pugnale di Xian.
Ritornata a Croft Manor, Lara sta ammirando il Pugnale in tranquillità quando scatta l'allarme della sua villa: gli ultimi uomini di Bartoli rimasti sono infatti riusciti a rintracciarla fino in Inghilterra per vendicarsi. Lara riesce ad averne ragione dopo un duro combattimento a fuoco e può finalmente concludere anche quest'avventura.
Una volta finito l'ultimo livello, si vede un breve filmato in cui Lara sta per farsi la doccia ma all'improvviso si volta verso il giocatore e dice: "Sei ancora qui?!". Subito dopo spara verso di lui.